Il Museo Civico dei Villaggi Scomparsi di Villa Estense racconta la storia degli insediamenti nella Bassa Padovana dalle bonifiche di epoca romana fino al XV secolo attraverso mappe, documenti antichi, fotografie e reperti archeologici. Il Museo dei Villaggi Scomparsi venne allestito nel 1996 dal Gruppo Bassa Padovana, un gruppo di insegnanti ed appassionati della cultura rurale e della storia dei popoli della Bassa Padovana, che tra gli anni Ottanta e gli anni Novanta diede vita ad una vera e propria rete museale nel territorio della Bassa. Allestito nel 1996, il Museo di Villa Estense nasce dallo spunto dato da un documento del 1077 in cui l’imperatore Enrico IV conferma a Ugo e Folco il possesso di beni acquisiti dal padre Alberto Azzo II d’Este: tra questi, nel territorio compreso tra Padova e Rovigo, compaiono alcuni nomi di villaggi che non trovano corrispondenza nella toponomastica attuale.

La sala di ingresso è l’introduzione al percorso museale: qui vengono illustrate le metodologie di ricerca utilizzate, le trasformazioni subite dal paesaggio ed i ritrovamenti archeologici che testimoniano le condizioni di vita in un ambiente complesso e non sempre ospitale. In questa sala si trova anche un plastico che rappresenta il villaggio alto-medievale, con capanne di legno e paglia e un edificio centrale in muratura, protetto da fossato e da una barriera di tronchi e rovi. La seconda area è dedicata ai villaggi scomparsi. Il Villaggio di Ancarano, citato per la prima volta nel 1077, era ubicato in un appezzamento di terreno nel Comune di Villa Estense tuttora appartenente alla Curia, tra via Grompa di Sopra e Grompa di Sotto. L’abbandono del villaggio risale presumibilmente al Quattrocento, poiché in uno scritto del 1489 il vescovo Barozzi in visita pastorale descrive il territorio quasi disabitato con la chiesa in stato di abbandono. I reperti qui rinvenuti appartengono all’epoca dei Veneti Antichi e al successivo periodo romano. L’ubicazione del secondo villaggio venne individuata nello stesso Comune grazie alle foto aeree e ai ritrovamenti archeologici: si tratta del Villaggio del Finale, citato nel medesimo documento del 1077, di cui i reperti ne testimoniano l’esistenza nel periodo romano e altomedievale. La terza area del Museo Civico dei Villaggi scomparsi è dedicata al Villaggio di Villa. In questa sezione si trovano una moltitudine di oggetti in pietra ollare derivanti dai commerci con altre popolazioni. In questa sala sono presenti anche delle ceramiche (in gran parte risalenti al periodo rinascimentale), che testimoniano lo sviluppo di questi abitati nel corso dei secoli.