Santa Margherita d’Adige viene citata già nel Duecento, in particolare nella decima papale del 1297, in cui la chiesa di Santa Malgarete de Meliadino compare come cappella di San Fidenzio de Meliadino. La prima visita pastorale nel 1448 registra la presenza del fonte battesimale, del cimitero e di una casa per il sacerdote. Nel 1482 la chiesa risulta parrocchiale e il vescovo Barozzi, in visita nel 1489, ne dà precise indicazioni. La chiesa continuò a restare annessa a San Fidenzio, anche se il territorio apparteneva alla podesteria di Montagnana.
Nel 1686 il campanile per un turbine si abbatté sul presbiterio, poi prontamente ricostruito; la pisside con il Santissimo rimase integra. Nel Settecento si decise di erigere una nuova chiesa ma solo il 6 settembre 1813 il vescovo Dondi dall’Orologio in visita a Santa Margherita trovò la chiesa di recente costruzione e di forme eleganti con sette altari. Il campanile a guglia, con sei campane, venne inaugurato nel 1882. La seconda guerra mondiale danneggiò gravemente la chiesa a cui, durante la ricostruzione, venne data una nuova facciata monumentale.